در حالی که چند سالی است مساله صدور سند مالکیت رودخانه‌ها، آبراهه‌های کشور مورد اختلاف بین سازمان منابع طبیعی و وزارت نیرو قرار دارد، اخیرا و با طرح دعوا توسط کمیته محیط زیست اسکودا نزد دیوان عدالت اداری فقهای شورا نگهبان با صدور سند رودخانه‌ها، آبراهه‌های کشور به نام وزارت نیرو و شرکت‌های آب منطقه‌ای زیرمجموعه آن مخالفت کرده و آن را غیرقانونی دانسته‌اند.
در پاسخ شورای نگهبان به استعلام دیوان عدالت اداری آمده است:
«رئیس محترم هیات عمومی دیوان عدالت اداری
با سلام و تحیت
عطف به نامه شماره ۰۲۰۸۰۵۸ مورخ ۱۴۰۴/۰۱/۱۸؛
موضوع بندهای ۴-۵ و ۴-۱۱ ماده ۴ تفاهم‌نامه شماره ۱۰۰/۶۰/۲۲۳۴۰/۱۴۰۲ مورخ ۱۴۰۲/۲/۴ منعقده بین سازمان ثبت اسناد و املاک کشور و وزارت نیرو، در جلسه مورخ ۱۴۰۴/۵/۲۹ فقهای معظم شورای نگهبان مورد بحث و بررسی قرار گرفت که به شرح ذیل اعلام نظر می‌گردد:
– از آن‌جا که تعدادی از موارد ذکرشده براساس شروع و آن‌گونه که در اصل ۲۵ قانون اساسی نیز ذکر شده است صرفاً در اختیار حکومت اسلامی اس، با توجه به تعبیر «سند مالکیت» که ظهور در ملکیت دارد و در نتیجه موارد مذکور ملک دولت تلقی شده است – هرچند که باید قوانین را در مورد آن‌ها رعایت کند – اطلاق بندهای مورد شکایت در صدور اسناد مالکیت نسبت به موارد مذکور خلاف شرع شناخته شد. چنانچه منظور از مالکیت در این موارد، فقط اختیار اداره است نیازمند تصریح است که چنین تصریحی وجود ندارد.»
